Proteome
Termenul proteom , creat de Mark Wilkins în 1994 în timpul unui congres ținut la Siena de Universitatea din Siena (1) , este utilizat în biologie pentru a indica complexul de proteine exprimat de o celulă sau de un organism, adică produs de genomul sistemul. biologic luat în considerare. Termenul a fost aplicat diferitelor tipuri de sisteme biologice. Există un proteom celular , care este un set de proteine găsite într-un anumit tip de celulă în condiții de mediu particulare, cum ar fi sub expunerea la stimulare hormonală . De asemenea, poate fi util să se ia în considerare proteomul complet al unui organism, care poate fi considerat un set global de proteine ale tuturor proteomilor celulari. Acesta este aproximativ echivalentul proteic al genomului . Termenul "proteom" a fost, de asemenea, utilizat pentru a se referi la setul de proteine ale unui sistem biologic subcelular: de exemplu, setul de proteine ale unui virus poate fi numit proteom viral.
Proteomul este mai mare și mai complicat decât genomul , în special la eucariote , deoarece există mai multe proteine decât gene . Acest lucru se datorează cuplării genelor și modificărilor post-translaționale, cum ar fi glicozilarea sau fosforilarea .
Proteomul prezintă cel puțin două niveluri de complexitate de care genomul nu are. În timp ce genomul este definit de o secvență de nucleotide , proteomul nu se limitează la suma secvențelor proteice prezente. Cunoașterea proteomului necesită să cunoască, pe lângă structurile proteinelor proteomei, și interacțiunile funcționale dintre proteinele în sine.
Studiul proteomei se numește Proteomică . A fost mult timp practicat cu separarea proteinelor prin intermediul electroforezei bidimensionale pe gel. În prima dimensiune, proteinele sunt separate pe baza punctului lor izoelectric. În a doua dimensiune, proteinele sunt separate prin masa moleculară folosind SDS-PAGE . Gelul este colorat cu albastru sau argintiu Coomassie pentru a vizualiza proteinele. Petele de pe gel sunt proteine care au migrat în locații specifice.
Spectrometrul de masă a îmbunătățit proteomica. Tehnica cunoscută sub denumirea de amprentă în masă peptidică identifică o proteină prin împărțirea acesteia în segmente de peptide scurte și ulterior deducând identitatea proteinei prin compararea maselor peptidelor cu cele ale unei baze de date de referință. Spectrometria de masă , pe de altă parte, poate furniza informații despre secvențe din peptide individuale izolându-le, tratându-le cu un gaz inert și apoi catalogând fragmentele ionice produse.
Elemente conexe
- Proteomica
- Bioinformatica
- Proiectul genomului
- Proiectul Proteome Umane
- Atlasul de proteine umane
- Proteine
linkuri externe
- ( RO ) IUPAC Gold Book, „proteome” , pe goldbook.iupac.org .
- Instrumente de bioinformatică Proteomics , pe molecularstation.com . Adus la 4 ianuarie 2006 (arhivat din original la 28 martie 2006) .
- The Proteome Society , pe proteome.org .
- Bioinformatics Journal , la bioinformatics.oupjournals.org . Adus la 4 ianuarie 2006 (arhivat din original la 22 noiembrie 2008) .
- [1]
