ImageJ

ImageJ software

diverse capturi de ecran ale diferitelor pluginuri ImageJ pentru microscopie, rulare.
Tip	Prelucrarea digitală a imaginilor
Dezvoltator	Wayne Rasband ( NIH )
Ultima versiune	1,52 t (30 ianuarie 2020)
Sistem de operare	GNU / Linux macOS Unix-like
Limba	Java
Licență	Domeniu public ( licență gratuită )
Site-ul web	imagej.nih.gov/ij/index.html
Editați datele pe Wikidata · Manual

ImageJ este un program de calculator pentru procesarea digitală a imaginilor , lansat în domeniul public , bazat pe Sun - Java ; dezvoltat de National Institutes of Health din Statele Unite . ^[1] ImageJ a fost proiectat cu o arhitectură deschisă care oferă posibilitatea de a avea extensii prin mici subprograme „ pluginuri Java” și multe macro-uri înregistrabile. ^[2]

Există pluginuri „ad hoc” pentru achiziționarea, analiza și procesarea imaginilor, care pot fi „stive”, adică felii stivuite ale unei secțiuni cubice (formate din voxeli de date de 8, 16 sau 32 biți, caracterizați prin coordonate topografice tridimensionale) stocate ca un singur fișier, care poate fi ulterior evidențiat (ROI), transformat, transformat sau deformat în funcție de diferite criterii.

Caracteristici

Editor plugin

ImageJ are un editor de pluginuri încorporat și un compilator Java. Multe plugin-uri scrise de utilizatori fac posibilă rezolvarea multor probleme de procesare și analiză a imaginilor, de la vizualizarea celulelor vii tridimensionale, ^[3] până la procesarea imaginilor în radiologie , ^[4] comparația între datele sistemelor multiple de imagine ^{[ 5]} până la sisteme automate de hematologie . ^[6]

Arhitectura pluginului ImageJ și mediul de dezvoltare încorporat au făcut din aceasta o platformă foarte populară pentru predarea procesării imaginilor. ^[7] ^[8]

ImageJ poate fi rulat ca applet online, ca aplicație descărcabilă din rețea sau pe orice computer (Mac, Linux, Windows) care are instalată mașina virtuală Java 1.4 sau versiunile ulterioare. Versiunile descărcabile în rețea sunt disponibile pentru Microsoft Windows , Mac OS , macOS , Linux și computerul portabil Sharp Zaurus . Codul sursă pentru ImageJ poate fi descărcat gratuit . ^[9]

Dezvoltatorul proiectului Wayne Rasband este membru al filialei de servicii de cercetare a Institutului Național de Sănătate Mentală (SUA).

Formate de imagine acceptate

ImageJ poate afișa, edita, analiza, procesa, salva și imprima imagini de nivel de gri (8 biți, 16 biți și 32 biți) și color ( 8 biți și 24 biți ). Poate citi mai multe formate de imagine, inclusiv TIFF , PNG , GIF , JPEG , BMP , DICOM , FITS , precum și unele formate „brute”. ImageJ acceptă stive de imagini, serii de imagini suprapuse (atât spațial ca „secțiuni” ale unui corp tridimensional, cât și temporar ca o secvență de imagini bidimensionale sau tridimensionale, numite totuși „felii”) care împart o singură fereastră, și este activat cu mai multe fire , astfel încât unele operații care consumă mult timp să poată fi efectuate în paralel pe hardware- ul multi- CPU .

Funcții de calcul și transformări

ImageJ poate calcula statisticile ariei și valorii pixelilor în selecții definite de utilizator și obiecte segmentate pe baza pragurilor de intensitate. De asemenea, poate măsura distanțe și unghiuri. Poate crea histograme de densitate și trasa linii de profil (între punctele definite). Suportă funcții standard de procesare a imaginilor, cum ar fi operații logice și aritmetice între imagini, reglarea luminozității și contrastului, convoluție , analiză Fourier , ascuțire , netezire , recunoaștere a muchiilor și filtrare mediană , morfologie matematică. De asemenea, efectuează transformări geometrice, cum ar fi scalarea , rotația și reflexia. Programul poate deschide orice număr de imagini simultan, limitat doar de memoria RAM disponibilă pe computer.

Manuale în limba italiană

Raport manual despre unele comenzi și pluginuri ImageJ (scris de studenții Universității din Catania)
CNR tutorial-manual ^{[ conexiune întreruptă ]} ( powerpoint )
Universitatea din Bari : cum se construiește și se distribuie un plugin-applet Java pentru imaginea J
Universitatea din Udine: exerciții online pentru introducerea ImageJ , pe mitel.dimi.uniud.it .

Istorie

Înainte de lansarea ImageJ în 1997 , NIH Image era disponibil, un sistem similar de analiză a imaginii lansat ca freeware , care a fost dezvoltat pentru Macintosh pentru sistemul de operare cu același nume. Dezvoltările ulterioare ale acestui cod continuă sub numele de Image SXM , o variantă dezvoltată pentru cercetarea imaginilor produse de microscopul electronic cu scanare . De asemenea, a fost dezvoltată o versiune pentru Windows , portată pe această platformă de către Scion Corporation. Ambele versiuni sunt încă disponibile. ^[10]

Notă

^ Collins TJ, ImageJ pentru microscopie , în BioTechniques , vol. 43, 1 Suppl, iulie 2007, pp. 25-30, DOI : 10.2144 / 000112517 , PMID 17936939 .
^ Girish V, Vijayalakshmi A, Analiza de imagine accesibilă utilizând NIH Image / ImageJ , în Indian J Cancer , vol. 41, nr. 1, 2004, p. 47, PMID 15105580 .
^ Eliceiri K, Rueden C, Instrumente pentru vizualizarea imaginilor multidimensionale din specimene vii , în Photochem Photobiol , vol. 81, nr. 5, 2005, pp. 1116–22, DOI : 10.1562 / 2004-11-22-IR-377 , PMID 15807634 .
^ Barboriak D, Padova A, York G, Macfall J, Creația aplicațiilor conștiente de DICOM folosind ImageJ , în J Digit Imaging , vol. 18, nr. 2, 2005, pp. 91-9, DOI : 10.1007 / s10278-004-1879-4 , PMID 15827831 .
^ Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J, AFM / CLSM vizualizarea și compararea datelor folosind un set de instrumente open-source , în Microsc Res Tech , vol. 64, n. 2, 2004, pp. 176–84, DOI : 10.1002 / jemt.20067 , PMID 15352089 .
^ Gering E, Atkinson C, O metodă rapidă de numărare a eritrocitelor nucleate pe frotiurile de sânge colorate prin analiză digitală a imaginii , în J Parasitol , vol. 90, n. 4, 2004, pp. 879–81, DOI : 10.1645 / GE-222R , PMID 15357090 .
^ Burger W, Burge M, Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java , Springer , 2007, ISBN 1-84628-379-5 .
^ Dougherty, G, Prelucrarea digitală a imaginilor pentru aplicații medicale , Cambridge University Press , 2009, ISBN 978-0-521-86085-7 .
^ Rueden CT, Eliceiri KW, Abordări de vizualizare pentru date de imagine biologică multidimensională , în BioTechniques , vol. 43, 1 Suppl, iulie 2007, pp. 31, 33-6, DOI : 10.2144 / 000112511 , PMID 17936940 .
^ Fișier NIH: Despre , la rsbweb.nih.gov . Adus la 18 noiembrie 2008 .

Alte proiecte

Wikimedia Commons conține imagini sau alte fișiere pe ImageJ

linkuri externe

Manual în italiană (pdf descărcabil, dar neprimabil)
(RO) ImageJ home pe rsb.info.nih.gov.
( EN ) ImageJ Documentation Wiki , la imagejdocu.tudor.lu .
( EN ) Revizuirea ImageJ de Forrest Mims III în The Citizen Scientist , revista Society for Amateur Scientists .

Distribuții

( EN ) ImageJ for Microscopy - de la McMaster Biophotonics Facility
( EN ) Fiji (Fiji este doar ImageJ): o distribuție de pachete ImageJ; sunt acceptate multe limbaje de scriptare (vezi Scripting ). Fiji se concentrează pe înregistrarea imaginilor, cusături, segmentare și vizualizare 3D.
( EN ) Wiki instructiv pentru instrumentele Tudor DICOM (situat în Luxemburg )

Pluginuri

( RO ) ImageJ Plugin acasă , la rsb.info.nih.gov .
( RO ) ImageJ Plugin Project @ Sourceforge.net
( RO ) Pluginuri de imagistică biologică , pe bij.isi.uu.nl.
( RO ) Pluginul de stabilizare a imaginii pentru ImageJ ^{[ link rupt ]} , pe kangli.org .
( EN ) Set de pluginuri OptiNav : Aeroacustică, histograme în timp real, deconvoluții.
Set mare de pluginuri de Gabriel Landini
(EN) Pluginurile de editare 3D ale lui Albert Cardona.
( EN ) Pluginuri pentru evaluarea suprafeței de la GCSCA
( EN ) TrakEM2 : un plugin pentru extragerea datelor morfologice, modelarea 3D și cusătura, înregistrarea, editarea și adnotarea imaginilor.
( RO ) Diverse pluginuri de la Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
( EN ) Implementare SIFT de Stephan Saalfeld: O implementare ușoară SIFT sub GPL, vezi mai multe despre algoritmul SIFT
( ES ) bUnwarpJ Arhivat 14 decembrie 2009 la Internet Archive . de Ignacio Arganda-Carreras: un plugin pentru înregistrarea consecventă și elastică a imaginilor.
( EN ) Plugin-uri ale Grupului de imagistică biomedicală (EPFL)
( RO ) Predarea programării procesării imaginilor în Java cu pluginuri ImageJ
( EN ) Tudor DICOM Tools , la imagejdocu.tudor.lu .

Imagine NIH

(RO) Pagina principală a Institutului Național de Sănătate Imagine pe rsb.info.nih.gov.
( EN ) Scion Image Download , pe scioncorp.com . Adus la 25 noiembrie 2009 (arhivat din original la 20 aprilie 2009) .

Portalul de astronomie	Portalul de biologie
Portalul Medicinii	Portal de software gratuit

[1] Collins TJ, ImageJ pentru microscopie , în BioTechniques , vol. 43, 1 Suppl, iulie 2007, pp. 25-30, DOI : 10.2144 / 000112517 , PMID 17936939 .

[2] Girish V, Vijayalakshmi A, Analiza de imagine accesibilă utilizând NIH Image / ImageJ , în Indian J Cancer , vol. 41, nr. 1, 2004, p. 47, PMID 15105580 .

[3] Eliceiri K, Rueden C, Instrumente pentru vizualizarea imaginilor multidimensionale din specimene vii , în Photochem Photobiol , vol. 81, nr. 5, 2005, pp. 1116–22, DOI : 10.1562 / 2004-11-22-IR-377 , PMID 15807634 .

[4] Barboriak D, Padova A, York G, Macfall J, Creația aplicațiilor conștiente de DICOM folosind ImageJ , în J Digit Imaging , vol. 18, nr. 2, 2005, pp. 91-9, DOI : 10.1007 / s10278-004-1879-4 , PMID 15827831 .

[5] Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J, AFM / CLSM vizualizarea și compararea datelor folosind un set de instrumente open-source , în Microsc Res Tech , vol. 64, n. 2, 2004, pp. 176–84, DOI : 10.1002 / jemt.20067 , PMID 15352089 .

[6] Gering E, Atkinson C, O metodă rapidă de numărare a eritrocitelor nucleate pe frotiurile de sânge colorate prin analiză digitală a imaginii , în J Parasitol , vol. 90, n. 4, 2004, pp. 879–81, DOI : 10.1645 / GE-222R , PMID 15357090 .

[7] Burger W, Burge M, Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java , Springer , 2007, ISBN 1-84628-379-5 .

[8] Dougherty, G, Prelucrarea digitală a imaginilor pentru aplicații medicale , Cambridge University Press , 2009, ISBN 978-0-521-86085-7 .

[9] Rueden CT, Eliceiri KW, Abordări de vizualizare pentru date de imagine biologică multidimensională , în BioTechniques , vol. 43, 1 Suppl, iulie 2007, pp. 31, 33-6, DOI : 10.2144 / 000112511 , PMID 17936940 .

[10] Fișier NIH: Despre , la rsbweb.nih.gov . Adus la 18 noiembrie 2008 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[ 5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]