În sezonul 1958-1959, Napoli a jucat în campionatul Serie A, cu 34 de puncte a obținut locul șapte, titlul de campion al Italiei a revenit la Milano cu 52 de puncte, Fiorentina pe locul doi cu 49 de puncte. Triestina și Torino au retrogradat în Serie B cu 23 de puncte.
Napoli condus mereu de antrenorul Amedeo Amadei s- a consolidat odată cu venirea atacantului brazilian Emanuele Del Vecchio de la Verona , care va înscrie 13 goluri în primul său sezon napolitan din ligă și 2 goluri la Inter în Cupa Italiei. Napoli nu a reușit să repete sezonul precedent care s-a încheiat pe locul patru, dar trebuie să se mulțumească cu terminarea campionatului pe locul șapte. De asemenea, a lovit câteva înfrângeri externe grele, cum ar fi (6-1) suferit de Milan și umilit (8-0) suferit de romi, care rămâne cea mai gravă înfrângere suferită vreodată de napoletani în Serie A. În Cupa Italiei a intrat în turul al treilea învingându-l pe Messina (5-0), doar pentru a găsi un record roșu cu Inter (3-2).