Barnasi

Barnasi
Complexul strâns legat de barnază cu inhibitorul său de barstar . Barnasi este colorat în funcție de structura sa secundară, în timp ce barstar este în albastru. ^[1]
Gene
HUGO	Barnasi
Proteină
UniProt	P00648
PDB	1BRS
Enzimă
Numărul CE	3.1.27.-
Editați datele pe Wikidata · Manual

Barnase (nume care provine din portmanteau-ul "RiboNucleASE" "BAtterica") este o proteină bacteriană cu 110 aminoacizi și o activitate ribonuclează . Este sintetizat și secretat de bacteria Bacillus amyloliquefaciens , dar este, de asemenea, letal pentru celulă atunci când inhibitorul său, barstar, nu este exprimat. Acest inhibitor se leagă și închide situl catalitic al ribonucleazei, împiedicând barnaza să deterioreze ARN-ul celular în perioada dintre traducere și secreție. Complexul barnase / barstar este cunoscut pentru legătura sa proteină-proteină extraordinar de strânsă, cu o constantă de disociere de 10 ⁸ s ^-1 M ^-1 .

Studii structurale

Barnaza nu are nici punți disulfură și nici nu necesită cationi divalenți sau componente non-peptidice pentru a ajunge la structura sa finală. Această simplitate, în combinație cu plierea reversibilă, înseamnă că barnaza face obiectul a numeroase studii pentru a avea o înțelegere generală a modului în care o proteină reușește în general să își realizeze plierea. ^[2] ^[3] ^[4] Structura barnasei a fost intens studiată în laboratorul lui Alan Fersht, care a folosit-o ca mijloc de a dezvolta o metodă de caracterizare a stărilor de tranziție prin care trece o proteină în timpul plierii, metodă cunoscută și ea ca analiză a valorii phi.

Site activ și mecanism

Barnaza catalizează hidroliza la situsurile diribonucleotidice GpN. Tăierea are loc în două faze, conform mecanismului generic acid-bază : se formează un intermediar ciclic în timpul primei faze de transesterificare , care este apoi hidrolizat pentru a elibera ARN-ul tăiat. Cele mai importante două reziduuri implicate în cataliză sunt Glu 73 și His 102, ambele fiind esențiale pentru activitatea enzimatică. Glu73 este baza generică, în timp ce His102 este acidul generic. Deși nu este direct implicat în cataliza acid-bazică, Lys 27 este, de asemenea, decisiv pentru activitate; pare a fi implicat în legarea substratului în timpul stării de tranziție. ^[5]

Notă

^ PDB 1BRS ; Buckle AM, Schreiber G, Fersht AR, Recunoașterea proteinelor-proteine: analiza structurală cristalină a unui complex barnase-barstar la rezoluție 2.0-A , în Biochimie , vol. 33, nr. 30, august 1994, pp. 8878–89, DOI : 10.1021 / bi00196a004 , PMID 8043575 .
^ Serrano L, Kellis JT, Cann P, Matouschek A, Fersht AR, Plierea unei enzime. II. Substructura barnasei și contribuția diferitelor interacțiuni la stabilitatea proteinelor , în J. Mol. Biol. , vol. 224, nr. 3, aprilie 1992, pp. 783–804, DOI : 10.1016 / 0022-2836 (92) 90562-X , PMID 1569557 .
^ Serrano L, Matouschek A, Fersht AR, Plierea unei enzime. III. Structura stării de tranziție pentru desfășurarea barnazei analizată printr-o procedură de inginerie proteică , în J. Mol. Biol. , vol. 224, nr. 3, aprilie 1992, pp. 805-18, DOI : 10.1016 / 0022-2836 (92) 90563-Y , PMID 1569558 .
^ Matouschek A, Serrano L, Fersht AR, Plierea unei enzime. IV. Structura unui intermediar în replierea barnasei analizată printr-o procedură de inginerie proteică , în J. Mol. Biol. , vol. 224, nr. 3, aprilie 1992, pp. 819–35, DOI : 10.1016 / 0022-2836 (92) 90564-Z , PMID 1569559 .
^ Mossakowska DE, Nyberg K, Fersht AR, Caracterizarea cinetică a ribonucleazei recombinante de la Bacillus amyloliquefaciens (barnază) și investigarea reziduurilor cheie în cataliză prin mutageneză direcționată pe site , în Biochimie , vol. 28, nr. 9, mai 1989, pp. 3843-50, DOI : 10.1021 / bi00435a033 , PMID 2665810 .

linkuri externe

( EN ) Barnasi , în Encyclopedia Britannica , Encyclopædia Britannica, Inc.

Portalul de biologie : Accesați intrările Wikipedia care se ocupă de biologie

[pmid8043575-1] PDB 1BRS ; Buckle AM, Schreiber G, Fersht AR, Recunoașterea proteinelor-proteine: analiza structurală cristalină a unui complex barnase-barstar la rezoluție 2.0-A , în Biochimie , vol. 33, nr. 30, august 1994, pp. 8878–89, DOI : 10.1021 / bi00196a004 , PMID 8043575 .

[pmid1569557-2] Serrano L, Kellis JT, Cann P, Matouschek A, Fersht AR, Plierea unei enzime. II. Substructura barnasei și contribuția diferitelor interacțiuni la stabilitatea proteinelor , în J. Mol. Biol. , vol. 224, nr. 3, aprilie 1992, pp. 783–804, DOI : 10.1016 / 0022-2836 (92) 90562-X , PMID 1569557 .

[pmid1569558-3] Serrano L, Matouschek A, Fersht AR, Plierea unei enzime. III. Structura stării de tranziție pentru desfășurarea barnazei analizată printr-o procedură de inginerie proteică , în J. Mol. Biol. , vol. 224, nr. 3, aprilie 1992, pp. 805-18, DOI : 10.1016 / 0022-2836 (92) 90563-Y , PMID 1569558 .

[pmid1569559-4] Matouschek A, Serrano L, Fersht AR, Plierea unei enzime. IV. Structura unui intermediar în replierea barnasei analizată printr-o procedură de inginerie proteică , în J. Mol. Biol. , vol. 224, nr. 3, aprilie 1992, pp. 819–35, DOI : 10.1016 / 0022-2836 (92) 90564-Z , PMID 1569559 .

[biochem-5] Mossakowska DE, Nyberg K, Fersht AR, Caracterizarea cinetică a ribonucleazei recombinante de la Bacillus amyloliquefaciens (barnază) și investigarea reziduurilor cheie în cataliză prin mutageneză direcționată pe site , în Biochimie , vol. 28, nr. 9, mai 1989, pp. 3843-50, DOI : 10.1021 / bi00435a033 , PMID 2665810 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]