Cataliza enzimatică

Același subiect în detaliu: Activitatea enzimatică și catalitică .

Cataliza enzimatică este un tip de cataliză efectuată de catalizatori proteici numiți enzime . Este cataliza cu care au loc practic toate reacțiile biochimice.

Specificitatea enzimelor

Același subiect în detaliu: Enzimă .

Schema modelului de adaptare indus

Majoritatea enzimelor au o specificitate foarte remarcabilă pentru reacția catalizată și pentru substraturile implicate. Această specificitate este legată de mai mulți factori care caracterizează asocierea dintre substrat și situl activ, cum ar fi complementaritatea din punct de vedere structural, sarcinile electrice , natura hidrofilă sau hidrofobă . Enzimele prezintă adesea niveluri foarte ridicate de stereospecificitate , regioselectivitate și chemoselectivitate . ^[1]

Unele enzime care prezintă cea mai mare specificitate sunt implicate în replicarea și exprimarea genomului . Aceste enzime au mecanisme de citire a probelor . De exemplu, enzimele precum ADN polimerazele sunt capabile să catalizeze inițial reacția de alungire a catenei ADN, apoi să evalueze eficiența și corectitudinea operației într-un moment ulterior. ^[2] Acest proces în doi pași ne permite să reducem foarte mult erorile comise (se estimează că ADN polimerazele mamiferelor au o rată de eroare de 1 din 100 de milioane de reacții catalizate. ^[3] ) Există mecanisme similare de citire a probelor . ARN polimeraze , ^[4] în aminoacil-ARNt sintetaze ^[5] și în ribozomi . ^[6]

Cu toate acestea, există și mai multe enzime caracterizate printr-o specificitate relativ mai mică. Mai multe enzime sunt de fapt capabile să acționeze asupra unui număr mare de substraturi. O posibilă explicație a acestor dovezi este legată de faptul că, din punct de vedere evolutiv , ar permite stabilirea de noi căi metabolice. ^[7]

Model cu cheie

Primul model care trebuie dezvoltat pentru a explica specificitatea enzimelor este cel sugerat de Hermann Emil Fischer în 1894 , conform căruia enzima și substratul au o formă exact complementară care le permite să se potrivească perfect. ^[8] Acest model este adesea denumit blocarea cheii . În orice caz, acest model arată bine specificitatea enzimelor, dar este cu siguranță mai puțin fiabil în explicarea stabilizării stării de tranziție pe care enzima o atinge în timpul legării cu substratul.

Model de adaptare indus

În 1958, Daniel Koshland a propus o modificare a modelului de blocare a cheii : deoarece enzimele sunt structuri relativ flexibile, el a sugerat că situl activ ar putea să se modeleze continuu pe baza prezenței sau absenței substratului. ^[9] Ca urmare, substratul nu se leagă pur și simplu de un sit activ rigid , ci generează o remodelare a sitului în sine, ceea ce îl conduce la o legare mai stabilă pentru a-și desfășura în mod corespunzător activitatea catalitică, ^[10] ca se întâmplă de exemplu pentru hexokinază ^[11] și alte enzime glicolitice . În unele cazuri, ca și în cazul glicozidazelor , substratul își poate schimba ușor forma la intrarea în situl activ. ^[12]

Operațiune

Legătura inițială dintre enzimă și substrat este, de asemenea, necesară din punct de vedere energetic. Energia legăturii derivă nu numai din legături covalente , ci și dintr-o rețea densă de interacțiuni slabe, ionice sau electrostatice . Numai substratul corect poate participa la toate interacțiunile așteptate. Acest lucru, pe lângă explicarea stabilității surprinzătoare a legăturii dintre enzimă și substrat, ne permite să înțelegem mecanismele care conferă o specificitate ridicată enzimei în sine.

Reducerea energiei de activare poate fi explicată în schimb prin faptul că toate interacțiunile dintre enzimă și substrat sunt posibile numai atunci când substratul se află în starea de tranziție. Prin urmare, această stare este stabilizată (într-un anumit sens este forțată ) de legătura dintre enzimă și substrat. Substratul în starea de tranziție poate fi considerat un nou substrat real al unei noi reacții, având o energie de activare mai mică decât cea inițială . Prin urmare, reducerea lui ^‡ G ^‡ poate fi înțeleasă ca o consecință a creării unui fel de reacție nouă , imposibilă fără prezența enzimei corecte.

Afinitatea enzimei pentru substrat este, prin urmare, condiția necesară funcționării sale; dar acest lucru nu înseamnă că, în general , forțele de interacțiune trebuie să fie foarte mari: dacă complexul enzimă-substrat ar fi excesiv de stabil, de exemplu, enzima nu ar tinde să formeze produsele. Dacă afinitatea dintre enzimă și starea de tranziție (sau între enzimă și produs) ar fi prea mare, reacția ar fi blocată, nepermițând complexului să se disocieze și să elibereze produsele.

Strategii catalitice

Același subiect în detaliu: Cataliza enzimatică covalentă , Cataliza enzimatică acido- bazică și Cataliza enzimatică a ionilor metalici .

Unele dintre strategiile utilizate în mod obișnuit de enzime pentru a cataliza reacțiile sunt următoarele. ^[13]

Cataliză covalentă
Cataliză acido-bazică
Cataliza mediată de ionul metalic
Abordarea catalizei. În multe reacții care implică mai multe substraturi, factorul limitativ este șansa slabă ca substraturile să fie aranjate aproape împreună și în orientarea corectă. Enzimele cum ar fi NMP kinazele sunt de exemplu capabile să aranjeze două nucleotide una lângă alta, facilitând transferul unei grupări fosfat de la o nucleotidă la alta.

Analize recente au relevat corelații suplimentare între dinamica internă a enzimei și eficiența catalizării rezultată. ^[14] ^[15] ^[16] Regiunile interne ale unei enzime (de la aminoacizii singuri până la spiralele alfa ) pot schimba poziția și conformația în perioade cuprinse între femtosecunde și secunde: aceste mișcări schimbă rețeaua posibilă interacțiuni cu substratul, cu consecințe importante în ceea ce privește creșterea sau scăderea eficienței catalitice . ^[17] ^[18] ^[19] ^[20] Acest lucru are consecințe fundamentale la nivelul studiului modulației alosterice, inhibării și activării enzimei.

Cazuri speciale

Același subiect în detaliu: Cataliza rotațională .

Există, de asemenea, alte tipuri de cataliză, cum ar fi catalizația prin rotație .

Modulație alosterică

Același subiect în detaliu: Allosteria .

Unele enzime sunt prevăzute, pe lângă site-ul activ, și cu așa-numitele site-uri alosterice , care funcționează ca întrerupătoare, putând bloca sau activa enzima. Când o anumită moleculă acționează ca substrat pentru aceste situri, structura enzimei este complet modificată, până la punctul în care nu mai poate funcționa. În schimb, deformarea poate determina funcționarea enzimei. De foarte multe ori deformarea constă într-o reorientare a domeniilor care alcătuiesc enzima pentru a face site-ul activ mai accesibil (activatori) sau mai puțin accesibil (inhibitori). Aceste molecule care reglează activitatea enzimatică sunt numite efectori alosterici sau modulatori alosterici .

Situl alosteric poate fi, de asemenea, același sit activ ca enzima: în acest caz, în general, activatorii sunt aceiași reactivi, în timp ce inhibitorii alosterici vor fi produsele.

Mulți efectori au efecte similare asupra mai multor enzime diferite: în acest fel alosteria poate fi utilizată pentru a sincroniza diferite reacții care sunt de-a lungul aceleiași căi sau pe căi diferite. De exemplu, ATP este un inhibitor alosteric al multor enzime care acționează asupra reacțiilor catabolice ( glicoliză , ciclul Krebs ...): deci atunci când concentrația sa este mare, adică celula are multă energie disponibilă, același ATP încetinește căile care duc la producerea altor molecule cu energie ridicată.

Două mecanisme de reacție ale substratului

Cele două mecanisme de reacție ale substratului sunt:

Bi-Bi comandat : substraturile S1 și S2 sunt legate și produsele P1 și P2 sunt detașate în ordine (ca în multe oxidoreductaze dependente de NAD ⁺ (P)).
Bi-Bi Random : cele două substraturi sunt legate și cele două produse sunt detașate în diferite ordine (ca în multe kinaze și unele dehidrogenaze ).
Ping Pong (sau dublă deplasare ): substratul S1 este atașat și produsul P1 este detașat, apoi S2 este atașat și P2 este detașat (ca pentru aminotransferaze și serin proteaze ).

Cofactori

Același subiect în detaliu: Cofactor (biologie) .

Multe enzime conțin molecule neproteice care participă la funcția catalitică. Aceste molecule, care se leagă adesea de enzima din vecinătatea sitului activ, se numesc cofactori . Combinate cu forma inactivă a enzimei ( apoenzimă ), ele dau naștere unei enzime catalitic active ( holoenzimă ).

Aceste molecule sunt adesea împărțite în două categorii pe baza naturii lor chimice: metale și coenzime (molecule organice mici).

Cu toate acestea, pe baza legăturii cu enzima, se disting grupurile protetice și cosubstratele. Grupurile protetice sunt de obicei strâns legate de enzime, de obicei permanent. Cosubstratele, pe de altă parte, sunt mai slab legate de enzime (o singură moleculă de cosubstrat se poate asocia uneori ulterior cu diferite enzime) și servesc ca purtători de molecule mici de la o enzimă la alta. Majoritatea vitaminelor , compuși pe care oamenii și alte animale nu le pot sintetiza singuri, sunt cofactori (sau precursori ai cofactorilor).

Termodinamica

Același subiect în detaliu: Energie de activare , echilibru termodinamic și echilibru chimic .

Diagrama unei reacții catalitice care arată energia necesară în diferite etape de-a lungul axei timpului ( coordonatele reacției ). Substraturile necesită în mod normal o cantitate semnificativă de energie (vârf roșu) pentru a ajunge la starea de tranziție pentru a reacționa la formarea produsului. Enzima creează un microambient în care substraturile pot ajunge mai ușor la starea de tranziție (vârf albastru), reducând astfel cantitatea de energie necesară. Deoarece este mai ușor să ajungeți la o stare de energie mai mică, reacția poate avea loc mai frecvent și, prin urmare, viteza de reacție va fi mai mare.

La fel ca în cazul tuturor catalizatorilor , enzimele nu modifică echilibrul chimic al reacției. De obicei, în prezența unei enzime, reacția are loc în aceeași direcție pe care ar avea-o fără. Singura diferență este viteza de reacție. În consecință, enzimele pot cataliza atât reacțiile directe, cât și cele inverse într-un mod echivalent. De exemplu, anhidrază carbonică catalizează reacția în ambele direcții în funcție de concentrația reactanților.

\mathrm {CO_{2}+H_{2}O{}^{\mathrm {\quad anidrasi\ carbonica} }\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!{\overrightarrow {\qquad \qquad \qquad \qquad }}H_{2}CO_{3}}

{\ displaystyle \ mathrm {CO_ {2} + H_ {2} O {} ^ {\ mathrm {\ quad anhydrase \ carbonic}} \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! {\ overrightarrow {\ qquad \ qquad \ qquad \ qquad}} H_ {2} CO_ {3}}}

{\ mathrm {CO_ {2} + H_ {2} O {} ^ {{\ mathrm {\ quad \ carbonic anhydrase}}} \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \ overrightarrow {\ qquad \ qquad \ qquad \ qquad} H_ {2} CO_ {3}}}

(în țesături , cu o concentrație mare de CO ₂ )

\mathrm {H_{2}CO_{3}{}^{\mathrm {\quad anidrasi\ carbonica} }\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!\!{\overrightarrow {\qquad \qquad \qquad \qquad }}CO_{2}+H_{2}O}

{\ displaystyle \ mathrm {H_ {2} CO_ {3} {} ^ {\ mathrm {\ quad anhydrase \ carbonic}} \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! {\ overrightarrow {\ qquad \ qquad \ qquad \ qquad}} CO_ {2} + H_ {2} O}}

{\ mathrm {H_ {2} CO_ {3} {} ^ {{mathrm {\ quad anhydrase \ carbonic}}} \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \! \ overrightarrow {\ qquad \ qquad \ qquad \ qquad} CO_ {2} + H_ {2} O}}

(în plămâni , cu concentrație scăzută de CO ₂ )

În orice caz, dacă echilibrul este deplasat definitiv într-o direcție (în cazul unei reacții exergonice, de exemplu), reacția devine ireversibilă, iar enzima este de facto capabilă să catalizeze reacția numai în acea direcție.

Deși singura diferență între prezența și absența unei enzime este viteza de reacție, uneori absența enzimei poate declanșa dezvoltarea altor reacții necatalizate, ducând la formarea diferitelor substraturi. În absența catalizatorilor, de fapt, pot avea loc reacții diferite, caracterizate printr-o energie de activare mai mică.

Mai mult, prezența enzimelor poate permite cuplarea a două sau mai multe reacții, astfel încât o reacție favorizată din punct de vedere termodinamic poate fi exploatată pentru a efectua una nefavorabilă. Aceasta se întâmplă cu hidroliza ATP, utilizată în mod obișnuit pentru a iniția numeroase reacții biologice.

Cinetică

Același subiect în detaliu: cinetica Michaelis-Menten, constanta Michaelis-Menten și perfecțiunea catalitică .

Mecanismul unei singure reacții de substrat (S) catalizată de o enzimă (E) pentru a genera un produs (P)

Cinetica enzimatică se ocupă în special de aspectele cinetice (adică legate de factorul timp) ale legăturii enzimă-substrat și de generarea consecventă a unui produs. Datele de viteză utilizate în analizele cinetice sunt obținute din teste enzimatice. În 1913 Leonor Michaelis și Maud Menten au propus o teorie cantitativă a cineticii enzimatice, care este cunoscută și astăzi ca cinetică Michaelis-Menten . ^[21] Munca lor a fost extinsă în continuare în 1925 de George Edward Briggs și John Burdon Sanderson Haldane , care au dezvoltat ecuațiile cinetice utilizate încă în mod obișnuit astăzi. ^[22]

Contribuția majoră a lui Michaelis și Menten a fost împărțirea ideală a acțiunii enzimelor în două faze. În primul pas, substratul se leagă reversibil de enzimă, formând complexul enzimă-substrat (ES), numit uneori complexul Michaelis-Menten în cinstea lor. Următorul pas este conversia efectivă a substratului în produs.

Curba de saturație pentru o reacție enzimatică: se evidențiază relația dintre concentrația substratului (S) și viteza de reacție ( v )

Enzimele sunt capabile să catalizeze câteva milioane de reacții pe secundă. De exemplu, reacția catalizată dedecarboxilaza orotidin-5'-fosfat durează aproximativ 25 de milisecunde pentru a procesa aceeași cantitate de substrat care, în absența enzimei, ar fi convertită în 78 de milioane de ani. ^[23]

Viteza enzimatică depinde de condițiile soluției și de concentrația substratului. Condițiile de denaturare , cum ar fi temperaturile ridicate, pH-ul departe de concentrațiile neutre sau mari de sare reduc activitatea enzimatică. Concentrațiile mari de substrat, pe de altă parte, tind să crească activitatea.

Viteza maximă a unei reacții enzimatice poate fi identificată prin creșterea concentrației substratului până când atinge un nivel la care viteza însăși rămâne constantă (în curba de saturație, este nivelul indicat în dreapta sus). Saturația apare deoarece, pe măsură ce concentrația substratului crește, din ce în ce mai mult din enzima liberă este convertită în forma ES. La rata maximă (definită V _max ) a enzimei, toate siturile active ale enzimei sunt saturate cu substrat, iar cantitatea de complex ES este egală cu cea a enzimei în sine.

Inhibare enzimatică

Același subiect în detaliu: inhibarea enzimei .

Inhibitorii competitivi leagă enzima în mod reversibil, împiedicându-l să se lege de substrat. Legarea la substrat, pe de altă parte, previne legarea inhibitorului.

Inhibitorii neconcurențiali leagă site-urile alternative de cel care leagă substratul. Cu toate acestea, legarea acestor inhibitori generează modificări conformaționale, astfel încât să împiedice intrarea substratului sau să genereze expulzarea acestuia.

Inhibitorii enzimei sunt substanțe capabile să scadă sau să anuleze acțiunea catalitică a unei enzime. Ele pot acționa prin legarea la site-ul activ în mod competitiv de substrat (inhibiție competitivă) sau prin legarea la un site alosteric. Inhibarea poate fi reversibilă , făcând posibilă restabilirea funcției catalitice a enzimei prin creșterea concentrației substratului față de inhibitor; sau ireversibil cu imposibilitatea de a putea restabili activitatea catalitică. Inductorii , pe de altă parte, sunt substanțe capabile să interacționeze cu siturile enzimatice pentru a crește funcționalitatea enzimei.

Inhibitori reversibili

Același subiect în detaliu: inhibitor reversibil .

Sunt molecule care se leagă non-covalent de enzimă, motiv pentru care, după îndepărtarea lor, enzima revine la funcționalitate.

Inhibare competitivă

Același subiect în detaliu: inhibitor competitiv .

Inhibitorii competitivi ocupă locul de legare a substratului, împiedicând substratul să se lege corect (formarea unui complex EI în locul unui ES). Cu toate acestea, dacă legarea enzimă-substrat are loc mai întâi, inhibitorul competitiv își pierde eficacitatea. Prin urmare, consistența inhibiției depinde atât de inhibitor, cât și de concentrația substratului. Inhibitorii competitivi imită adesea remarcabil forma substraturilor pe care le inhibă legarea.

Pe măsură ce concentrația inhibitorului crește, k _m app mărește viteza de reacție. Asimptotic, cu toate acestea, viteza tinde încă la _Vmax , astfel încât efectul inhibitor poate fi anulat prin creșterea concentrației de substrat.

De exemplu, metotrexatul este un inhibitor competitiv al dihidrofolatului reductazei , care catalizează reducerea dihidrofolatului în tetrahidrofolat .

Inhibiție necompetitivă

Același subiect în detaliu: inhibitor neconcurențial .

Inhibitorii neconcurențiali sunt capabili să se lege de alte site-uri decât site-ul activ. Prin urmare, sunt capabili să se lege atât de enzima liberă, cât și în configurația ES. Legarea lor de enzimă generează o schimbare conformațională a enzimei în sine, care poate duce la inhibarea legării dintre enzimă și substrat. Deoarece, prin urmare, nu există competiție între inhibitor și substrat, importanța inhibiției depinde exclusiv de concentrația inhibitorului în sine.

Inhibitorul determină o scădere a _Vmax , dar nu se schimba k _m.

Inhibare competitivă (și incompetitivă)

Același subiect în detaliu: inhibitor neconcurențial .

Un inhibitor competitiv se leagă de un alt loc decât cel al substratului, prezent doar în complexul ES: interacționează numai cu ES și nu cu E.

V _max și k _m scad cu același factor cu creșterea concentrației inhibitorului: V _max / k _m este constant.

Inhibare mixtă

Același subiect în detaliu: inhibitor de tip mixt .

In realitate , nu există o inhibare pur necompetitiv, ci o inhibiție de tip mixt , în care atât V _max și k _m variază în mod diferit.

În practică, inhibiția concurențială și inhibarea mixtă apar numai în enzime cu două sau mai multe substraturi.

Inhibitori ireversibili

Același subiect în detaliu: Inhibitor ireversibil .

Unii inhibitori sunt capabili să reacționeze cu enzima și să formeze o legătură covalentă . Inactivarea astfel indusă este ireversibilă. Există mai mulți compuși de acest tip: o clasă importantă este cea a așa-numiților inhibitori de sinucidere , care conțin eflornitină , un medicament utilizat pentru tratarea bolilor de somn . ^[24] Penicilina și derivații săi acționează, de asemenea, în acest fel. Antibioticele din această clasă sunt legate de situsul activ al enzimei țintă ( transpeptidazele ) și sunt transformate într-un intermediar care reacționează ireversibil cu unele reziduuri prezente în situsul activ.

Utilizări ale inhibitorilor

Inhibitorii sunt adesea folosiți ca droguri, dar pot acționa și ca otrăvuri reale. În realitate, diferența dintre drog și otravă este exclusiv o chestiune a dozei de compus: majoritatea medicamentelor, de fapt, dacă sunt administrate în doze mari pot fi toxice, așa cum a subliniat deja Paracelsus în secolul al XVI-lea : „ În toate lucrurile există este o otravă și fără otravă nu există nimic . ^[25] Principiul dozei este același că antibioticele și alți agenți anti- infecție sunt otrăvuri pentru agentul patogen și nu pentru organismul uman .

Un exemplu de inhibitor utilizat ca medicament este aspirina , care inhibă activitatea ciclooxigenazelor COX-1 și COX-2, care produc prostaglandine , mediatori ai inflamației , reducând astfel senzația de durere.
Cianura, pe de altă parte, este un inhibitor ireversibil care se combină cu cuprul și fierul prezente în situsul activ al enzimei citocrom c oxidază , blocând lanțul de transport al electronilor și, în consecință, respirația celulară . ^[26]

În multe organisme, produsele enzimatice pot acționa și ca un fel de inhibitor, printr-un mecanism de feedback negativ . Dacă o enzimă produce prea mult produs, aceasta poate acționa ca un inhibitor al enzimei în sine, reducând sau blocând producția de produs suplimentar. Acest mecanism este foarte frecvent în enzimele implicate în căile metabolice: hexokinaza, de exemplu, este inhibată de cantități mari de glucoză-6-fosfat .

Reglarea activității enzimatice

Același subiect în detaliu: inhibarea enzimelor retroactive din produsul final .

Celula este capabilă să controleze activitatea enzimelor în cel puțin cinci moduri principale.

Producția de enzime
Compartimentarea enzimelor
Feedback negativ
Postează modificări de traducere
Activare în alte medii decât cele de producție

Cascade enzimatice

Cascadele enzimatice sunt sisteme formate din mai multe enzime care acționează împreună provocând modificări covalente. Cascadele pot fi monociclice, biciclice sau multi-ciclice.

Notă

^(EN) Jaeger KE, Eggert T., Biocataliza enantioselectivă optimizată prin evoluție direcționată. , în Curr Opin Biotechnol. , 15 (4), 2004, pp. 305-313, PMID 15358000 .
^(EN) Shevelev IV, U. Hubscher, Exonucleazii de la 3 'la 5'. , în Nat Rev Mol Cell Biol. , vol. 3, nr. 5, 2002, pp. 364-376, PMID 11988770 .
^(EN) J. Berg, Tymoczko și Stryer L. J. (2002) Biochimie. WH Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6
^(EN) Zenkin N, Yuzenkova Y, Severinov K., Transcript-assisted transcriptional proofreading. , în Știință. , vol. 313, 2006, pp. 518-520, PMID 16873663 .
^(EN) Ibba M, Soll D., sinteza aminoacil-ARNt. , în Annu Rev Biochem. , vol. 69, 2000, pp. 617-650, PMID 10966471 .
^(EN) MV Rodnina, Wintermeyer W., Fidelitatea selecției aminoacil-ARNt pe ribozom: mecanisme cinetice și structurale. , în Annu Rev Biochem. , vol. 70, 2001, pp. 415-435, PMID 11395413 .
^ (EN) Richard Firn, The Screening Hypothesis - o nouă explicație a diversității și funcției secundare a produselor , a www-users.york.ac.uk. Adus la 11 octombrie 2006 (arhivat din original la 31 octombrie 2006) .
^(EN) E. Fischer, Einfluss der Configuration auf die Wirkung der Enzyme , în Ber. Dt. Chem. Iisus , vol. 27, 1894, pp. 2985-2993.
^(EN) Koshland DE, Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein Synthesis , în Proc. Natl. Acad. Știință , vol. 44, nr. 2, 1958, pp. 98-104, PMID 16590179 .
^(EN) (EN) Rodney Boyer,6 , în Concepts in Biochemistry, ediția a II-a, New York, Chichester, Weinheim, Brisbane, Singapore, Toronto., John Wiley & Sons, Inc., 2002, pp. 137 -138, ISBN 0-470-00379-0 .
^ ( EN ) Imagine a adaptării induse în hexokinază
^(EN) Vasella A, Davies GJ, M. Bohm, mecanisme glicozidazice. , în Curr Opin Chem Biol. , vol. 6, nr. 5, 2002, pp. 619-629, PMID 12413546 .
^(EN) Berg Jeremy M., Tymoczko John L. și Lubert Stryer Biochimie - Ediția a cincea - WH Freeman și companie Depus pe 7 februarie 2009 în Arhiva Internet .
^(EN) Eisenmesser EZ, Wood DA, Akke M, Kern D. Dinamica enzimei în timpul catalizei. Ştiinţă. 22 februarie 2002; 295 (5559): 1520-3. PMID 11859194
^(EN) Agarwal PK. Rolul dinamicii proteinelor în creșterea vitezei de reacție de către enzime. J Am Chem Soc. 2005 2 noiembrie; 127 (43): 15248-56. PMID 16248667
^(EN) Eisenmesser EZ, Millet O, W Labeikovsky, Korzhnev DM, Wolf-Watz M, Wood DA, Skalicky JJ, Kay LE, Kern D. Dinamica intrinsecă a unei enzime stă la baza catalizei. Natură. 3 noiembrie 2005; 438 (7064): 117-21. PMID 16267559
^(EN) LW Yang, I. Bahar, Cuplarea sitului catalitic între și dinamica colectivă: o cerință pentru activitatea mecanochimică a enzimelor. , în Structură. , vol. 13, 5 iunie 2005, pp. 893-904, PMID 15939021 . Adus la 13 aprilie 2021 (arhivat din original la 26 mai 2012) .
^(EN) PK Agarwal, Billeter SR, Rajagopalan PT, Benkovic SJ, Hammes-Schiffer S., Rețea de mișcări de promovare cuplate în cataliza enzimatică. , în Proc. Natl. Acad. Sci. US A. , voi. 99, 5 martie 2002, pp. 2794-9, PMID 11867722 .
^(EN) PK Agarwal, Geist A, Gorin A. Dinamica proteinelor și cataliza enzimatică: investigarea activității de izomerizare a peptidil-prolil cis-trans a ciclofilinei A. Biochimie. 24 august 2004; 43 (33): 10605-18. PMID 15311922
^(EN) Tousignant A, JN Pelletier., Mișcările proteinelor Promovează cataliza. , în Chem Biol. , vol. 11, n. 8, august 2004, pp. 1037-42, PMID 15324804 .
^(EN) L. Michaelis, Menten M., Die Kinetik der Invertinwirkung, în Biochem. Z. , vol. 49, 1913, pp. 333-369. Traducere în limba engleză Accesat la 6 aprilie 2007
^(EN) Briggs GE, Haldane JBS, O notă despre cinetica acțiunii enzimei , în Biochem. J. , voi. 19, 1925, pp. 339-339, PMID 16743508 .
^ (EN) Radzicka A, Wolfenden R., O enzimă competentă. , în Știință , vol. 6, nr. 267, 1995, pp. 90-931, PMID 7809611 .
^ Poulin R, Lu L, Ackermann B, Bey P, Pegg AE. Mechanism of the irreversible inactivation of mouse ornithine decarboxylase by alpha-difluoromethylornithine. Characterization of sequences at the inhibitor and coenzyme binding sites. Archiviato il 24 gennaio 2009 in Internet Archive . J Biol Chem. 1992 Jan 5;267(1):150-8. PMID 1730582
^ ( EN ) Ball, Philip (2006) The Devil's Doctor: Paracelsus and the World of Renaissance Magic and Science. Farrar, Straus and Giroux ISBN 0-374-22979-1
^ ( EN ) Yoshikawa S and Caughey WS., Infrared evidence of cyanide binding to iron and copper sites in bovine heart cytochrome c oxidase. Implications regarding oxygen reduction. , in J Biol Chem. , vol. 265, n. 14, maggio 1990, pp. 7945-7958, PMID 2159465 . URL consultato il 21 luglio 2009 (archiviato dall' url originale il 25 settembre 2008) .

Bibliografia

Halvor Christensen, Cinetica enzimatica , Franco Angeli, 1971.
Hans Bergmeyer, Principi di analisi enzimatica , Piccin-Nuova Libraria, 1982.
Alan Fersht, Struttura e meccanismi d'azione degli enzimi , Bologna, Zanichelli , 1989.
Nicholas Price, Principi di enzimologia , Delfino Antonio Editore, 1996.
Lauro Galzigna, Elementi di enzimologia , Piccin-Nuova Libraria, 1996.
Riccardo Muzzarelli, Enzimologia , Università di Ancona , 1998.
David L. Nelson, Michael M. Cox, I Principi di Biochimica di Lehninger , 3ª ed., Bologna, Zanichelli , febbraio 2002, ISBN 88-08-09035-3 .
Umberto Mura, Antonella Del Corso; Marcella Camici, Sistemi enzimatici a cascata , a cura di L. Bolognani, collana: Quaderni di Biochimica (n°44), Piccin-Nuova Libraria, 1990, ISBN 88-299-0871-1 .

Voci correlate

Altri progetti

Wikimedia Commons contiene immagini o altri file su catalisi enzimatica

Collegamenti esterni

( EN ) Enzyme spotlight : approfondimento mensile di un enzima a cura dell' Istituto europeo di bioinformatica .
( EN ) BRENDA : banca dati contenente informazioni e dati di letteratura relativi a tutti gli enzimi conosciuti.
( EN ) KEGG : banca dati contenente informazioni complete sugli enzimi ed i relativi pathway.
( EN ) MACiE : banca dati contenente informazioni sui meccanismi di reazione.
( EN ) Enzyme Structures Database : fornisce il collegamento da un determinato enzima alla sua struttura tridimensionale nella Protein Data Bank .
( EN ) ExPASy enzyme : fornisce il collegamento da un determinato enzima alle informazioni ad esso correlate nel database Swiss-Prot .

Controllo di autorità	Thesaurus BNCF 31255 · GND ( DE ) 4152480-9

Portale Biologia

Portale Chimica

Portale Medicina

[1] (EN) Jaeger KE, Eggert T., Biocataliza enantioselectivă optimizată prin evoluție direcționată. , în Curr Opin Biotechnol. , 15 (4), 2004, pp. 305-313, PMID 15358000 .

[2] (EN) Shevelev IV, U. Hubscher, Exonucleazii de la 3 'la 5'. , în Nat Rev Mol Cell Biol. , vol. 3, nr. 5, 2002, pp. 364-376, PMID 11988770 .

[3] (EN) J. Berg, Tymoczko și Stryer L. J. (2002) Biochimie. WH Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6

[4] (EN) Zenkin N, Yuzenkova Y, Severinov K., Transcript-assisted transcriptional proofreading. , în Știință. , vol. 313, 2006, pp. 518-520, PMID 16873663 .

[5] (EN) Ibba M, Soll D., sinteza aminoacil-ARNt. , în Annu Rev Biochem. , vol. 69, 2000, pp. 617-650, PMID 10966471 .

[6] (EN) MV Rodnina, Wintermeyer W., Fidelitatea selecției aminoacil-ARNt pe ribozom: mecanisme cinetice și structurale. , în Annu Rev Biochem. , vol. 70, 2001, pp. 415-435, PMID 11395413 .

[7] (EN) Richard Firn, The Screening Hypothesis - o nouă explicație a diversității și funcției secundare a produselor , a www-users.york.ac.uk. Adus la 11 octombrie 2006 (arhivat din original la 31 octombrie 2006) .

[8] (EN) E. Fischer, Einfluss der Configuration auf die Wirkung der Enzyme , în Ber. Dt. Chem. Iisus , vol. 27, 1894, pp. 2985-2993.

[9] (EN) Koshland DE, Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein Synthesis , în Proc. Natl. Acad. Știință , vol. 44, nr. 2, 1958, pp. 98-104, PMID 16590179 .

[10] (EN) (EN) Rodney Boyer,6 , în Concepts in Biochemistry, ediția a II-a, New York, Chichester, Weinheim, Brisbane, Singapore, Toronto., John Wiley & Sons, Inc., 2002, pp. 137 -138, ISBN 0-470-00379-0 .

[11] ( EN ) Imagine a adaptării induse în hexokinază

[12] (EN) Vasella A, Davies GJ, M. Bohm, mecanisme glicozidazice. , în Curr Opin Chem Biol. , vol. 6, nr. 5, 2002, pp. 619-629, PMID 12413546 .

[13] (EN) Berg Jeremy M., Tymoczko John L. și Lubert Stryer Biochimie - Ediția a cincea - WH Freeman și companie Depus pe 7 februarie 2009 în Arhiva Internet .

[14] (EN) Eisenmesser EZ, Wood DA, Akke M, Kern D. Dinamica enzimei în timpul catalizei. Ştiinţă. 22 februarie 2002; 295 (5559): 1520-3. PMID 11859194

[15] (EN) Agarwal PK. Rolul dinamicii proteinelor în creșterea vitezei de reacție de către enzime. J Am Chem Soc. 2005 2 noiembrie; 127 (43): 15248-56. PMID 16248667

[16] (EN) Eisenmesser EZ, Millet O, W Labeikovsky, Korzhnev DM, Wolf-Watz M, Wood DA, Skalicky JJ, Kay LE, Kern D. Dinamica intrinsecă a unei enzime stă la baza catalizei. Natură. 3 noiembrie 2005; 438 (7064): 117-21. PMID 16267559

[17] (EN) LW Yang, I. Bahar, Cuplarea sitului catalitic între și dinamica colectivă: o cerință pentru activitatea mecanochimică a enzimelor. , în Structură. , vol. 13, 5 iunie 2005, pp. 893-904, PMID 15939021 . Adus la 13 aprilie 2021 (arhivat din original la 26 mai 2012) .

[18] (EN) PK Agarwal, Billeter SR, Rajagopalan PT, Benkovic SJ, Hammes-Schiffer S., Rețea de mișcări de promovare cuplate în cataliza enzimatică. , în Proc. Natl. Acad. Sci. US A. , voi. 99, 5 martie 2002, pp. 2794-9, PMID 11867722 .

[19] (EN) PK Agarwal, Geist A, Gorin A. Dinamica proteinelor și cataliza enzimatică: investigarea activității de izomerizare a peptidil-prolil cis-trans a ciclofilinei A. Biochimie. 24 august 2004; 43 (33): 10605-18. PMID 15311922

[20] (EN) Tousignant A, JN Pelletier., Mișcările proteinelor Promovează cataliza. , în Chem Biol. , vol. 11, n. 8, august 2004, pp. 1037-42, PMID 15324804 .

[21] (EN) L. Michaelis, Menten M., Die Kinetik der Invertinwirkung, în Biochem. Z. , vol. 49, 1913, pp. 333-369. Traducere în limba engleză Accesat la 6 aprilie 2007

[22] (EN) Briggs GE, Haldane JBS, O notă despre cinetica acțiunii enzimei , în Biochem. J. , voi. 19, 1925, pp. 339-339, PMID 16743508 .

[23] (EN) Radzicka A, Wolfenden R., O enzimă competentă. , în Știință , vol. 6, nr. 267, 1995, pp. 90-931, PMID 7809611 .

[Poulin-24] Poulin R, Lu L, Ackermann B, Bey P, Pegg AE. Mechanism of the irreversible inactivation of mouse ornithine decarboxylase by alpha-difluoromethylornithine. Characterization of sequences at the inhibitor and coenzyme binding sites. Archiviato il 24 gennaio 2009 in Internet Archive . J Biol Chem. 1992 Jan 5;267(1):150-8. PMID 1730582

[25] ( EN ) Ball, Philip (2006) The Devil's Doctor: Paracelsus and the World of Renaissance Magic and Science. Farrar, Straus and Giroux ISBN 0-374-22979-1

[26] ( EN ) Yoshikawa S and Caughey WS., Infrared evidence of cyanide binding to iron and copper sites in bovine heart cytochrome c oxidase. Implications regarding oxygen reduction. , in J Biol Chem. , vol. 265, n. 14, maggio 1990, pp. 7945-7958, PMID 2159465 . URL consultato il 21 luglio 2009 (archiviato dall' url originale il 25 settembre 2008) .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

[24]

[25]

[26]