Polimorfism unic nucleotidic
Un polimorfism nucleotidic unic (adesea definit în engleză single-nucleotide polymorphism sau SNP , pronunțat snip ) este un polimorfism , adică o variație, a materialului genetic al unei singure nucleotide , astfel încât alela polimorfă este prezentă în populație într-o proporție mai mare mai mult de 1%. Sub acest prag se obișnuiește să se vorbească despre o variantă rară (în limba engleză single-nucleotide variant sau SNV).
De exemplu, dacă secvențele identificate la doi pacienți sunt AAGC C TA și AAGC T TA, există un SNP care diferențiază cele două alele C și T.
Frecvența SNP-urilor
În cadrul unei populații, este posibil să se determine o frecvență de alelă mai mică , raportul dintre frecvența celei mai rare și cea mai comună variantă a unui SNP dat. De obicei, privim mai atent de la SNP-uri cu o valoare a frecvenței alelice mai mică de sub 1%, neglijând în analize majoritatea SNP-urilor care, chiar și pentru numărul lor foarte mare, nu sunt foarte ușor de manevrat. Este important de reținut că pot exista variații considerabile între populațiile umane. Un SNP foarte comun într-un grup etnic poate fi, prin urmare, foarte rar la o altă populație.
SNP-urile pot apărea în cadrul unei secvențe de codificare genică , într-o regiune intronică sau într-o regiune intergenică. SNP-urile dintr-o genă, totuși, nu modifică neapărat secvența de aminoacizi codată, deoarece codul genetic a degenerat. Un SNP care generează în toate formele sale același peptid se spune sinonim (sinonim); în caz contrar se numește non-sinonim ( non-sinonim ). SNP-urile care nu se află într-o secvență de codificare pot avea totuși consecințe negative asupra îmbinării sau legării factorilor de transcripție .
SNP reprezintă 90% din toate variațiile genetice umane. SNP-uri cu o frecvență alelică mai mică egală sau mai mare de 1% sunt prezente la fiecare aproximativ 100-300 de perechi de baze de-a lungul întregului genom . În medie, doi din trei SNP observă o variație între citozină și timină .
Potențialul SNP-urilor
Studiul SNP-urilor este foarte util deoarece variațiile chiar și nucleotidelor unice pot influența dezvoltarea patologiilor sau răspunsul la agenți patogeni , substanțe chimice , medicamente . Din acest motiv, SNP-urile pot avea o mare importanță în dezvoltarea de noi medicamente și în diagnosticare , deoarece permit să se cunoască efectul pe care un medicament îl poate avea asupra unei persoane chiar înainte de administrare, printr-un screening al SNP-urilor prezente în gena responsabilă pentru metabolizarea medicamentului în sine; acestea stau la baza farmacogenomiei . Deoarece SNP-urile sunt mostenite în mare parte din generație în generație, ele sunt utilizate în unele studii genetice.
Identificarea SNP-urilor
O metodă utilă pentru detectarea SNP este evaluarea așa-numitelor polimorfisme ale lungimii fragmentului de restricție (lungimea polimorfismelor fragmentului de restricție sau RFLP ). Dacă o alelă conține un sit de recunoaștere pentru o enzimă de restricție și alta nu, digestia celor două alele va genera două fragmente de dimensiuni diferite. În realitate, SNP-urile sunt studiate în principal prin microarrays , care permit analiza simultană a sutelor de SNP-uri diferite și o analiză rapidă procesată de un computer. O tehnică cu ajutorul căreia SNP-urile pot fi analizate este SNuPE (extensie de grund cu un singur nucleotid). Procedura implică extragerea ARN-ului, amplificarea prin RT-PCR a porțiunii în care este prezent locusul polimorf pentru a obține ADNc și, în final, un ciclu PCR cu primeri SNuPE.
Acest primer este proiectat în așa fel încât să se împerecheze la capătul 3 'din amonte al unei nucleotide înainte de nucleotida care caracterizează polimorfismul, apoi se introduce un dNTP marcat. Amplificarea obținută este analizată pe un gel de poliacrilamidă și identificată prin autoradiografie. O variantă a acestei tehnici, MS-SNuPE (extensia primerului unic-nucleotidic sensibil la metilare), permite analiza gradului de metilare care poate apărea, de exemplu, la nivelul dinucleotidelor CpG. Aceste nucleotide sunt prezente în multe regiuni ale genomului uman și fac obiectul studiului mecanismelor epigenetice. MS-SNuPE este condus exact ca SNuPE, dar înainte de a se amplifica cu primerul, ADNc este tratat cu bisulfit care transformă citozinele nemetilate în uracil.
Alte proiecte
-
Wikimedia Commons conține imagini sau alte fișiere pe polimorfism unic nucleotidic
linkuri externe
- ( RO ) Introducere în SNP de către Oak Ridge National Laboratory , la ornl.gov . Adus la 7 decembrie 2006 (arhivat din original la 20 aprilie 2012) .
- ( EN ) Relația dintre SNP și Rac , pe nci.nih.gov . Adus la 7 decembrie 2006 (arhivat din original la 2 iunie 2010) .
- ( EN ) Resurse NCBI - Introducere în SNPs de la NCBI
- ( EN ) Baza de date SNP la CSHL , pe snp.cshl.org . Adus la 7 decembrie 2006 (arhivat din original la 3 septembrie 2013) .
- ( EN ) Baza de date NCBI a SNP-urilor , la ncbi.nlm.nih.gov .
- ( EN ) WatCut, instrument de proiectare a testului SNP-RFLP , la watcut.uwaterloo.ca .
- ( EN ) Instrumente pentru detectarea SNP-urilor , pe insilico.ehu.es .
