Mobiloma
Mobilomul cuprinde toate elementele genetice mobile ale unei celule, care se pot deplasa în sau între diferiți genomi . În funcție de mecanismul prin care se mișcă și de tipul secvenței, aceste elemente pot fi împărțite în diferite categorii: elemente transpozabile , plasmide , bacteriofagi și ribozime cu auto-îmbinare [1] . La eucariote categoria cea mai reprezentată este cea a elementelor transpozabile, în timp ce la procariote pot fi reprezentate și celelalte categorii, care permit schimbul de material genetic între genomi diferiți.
Metode de analiză
Cele mai utilizate tehnici pentru studiul mobilomului sunt: ultracentrifugarea în gradient a bromurii de etidiu cu clorură de cesiu (CsCl-EB) [2] , derivarea bioinformatică a contig / genelor legate de plasmide [3] [4] , Transposon Aided Capture (TRACA) [5] , și degradarea liniară a ADN-ului cu exonuclează urmată de amplificarea cu deplasare multiplă (MDA) [6] [7] .
Importanţă
Deoarece contribuie la creșterea variabilității genetice a unui anumit organism, elementele genetice mobile pot avea importanță în evoluția și adaptarea unei specii, reprezentând, de asemenea, principalul mecanism de transfer al genelor în procariote .
Notă
- ^ (EN) Janet L. Siefert, Horizontal Gene Transfer: Genomes in Flux , în Methods in Molecular Biology, Humana Press, 2009, pp. 13–27, DOI : 10.1007 / 978-1-60327-853-9_2 , ISBN 9781603278539 . Adus la 11 iulie 2019 .
- ^ Vladimir Sentchilo, Antonia P Mayer și Lionel Guy, mobilizarea și selecția genei plasmidei la nivel comunitar , în The ISME Journal , vol. 7, nr. 6, 2013-06, pp. 1173–1186, DOI : 10.1038 / ismej.2013.13 . Adus la 11 iulie 2019 .
- ^ B. Palenik, Q. Ren și V. Tai, Coastal Synechococcus metagenome relevă roluri majore pentru transferul orizontal de gene și plasmide în diversitatea populației , în Environmental Microbiology , vol. 11, n. 2, 2009-2, pp. 349–359, DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2008.01772.x . Adus la 11 iulie 2019 .
- ^ Yingfei Ma, Ian T. Paulsen și Brian Palenik, Analiza a doi metagenomi marini relevă diversitatea plasmidelor în mediile oceanice , în Microbiologia mediului , vol. 14, n. 2, 2012-2, pp. 453–466, DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2011.02633.x . Adus la 11 iulie 2019 .
- ^ Brian V. Jones și Julian R. Marchesi, Transposon-aided capture (TRACA) al plasmidelor rezidente în metagenomul mobil al intestinului uman , în Nature Methods , vol. 4, nr. 1, 2007-1, pp. 55–61, DOI : 10.1038 / nmeth964 . Adus la 11 iulie 2019 .
- ^ Aya Brown Kav, Goor Sasson și Elie Jami, Insights into the bovine rumen plasmidome , în Proceedings of the National Academy of Sciences din Statele Unite ale Americii , vol. 109, nr. 14, 3 aprilie 2012, pp. 5452-5457, DOI : 10.1073 / pnas.1116410109 . Adus la 11 iulie 2019 .
- ^ Tue Sparholt Jørgensen, Zhuofei Xu și Martin Asser Hansen, Hundreds of Circular Novel Plasmids and DNA Elements Identified in a Rat Cecum Metamobilome , în PLoS ONE , vol. 9, nr. 2, 4 februarie 2014, DOI : 10.1371 / journal.pone.0087924 . Adus la 11 iulie 2019 .
