Etichetă de secvență exprimată
Etichetele de secvență exprimate (EST) sunt secvențe ADN scurte care corespund regiunilor terminale ale secvențelor ADNc mai lungi. Moleculele de ADNc sunt obținute din transcrierea inversă a populației de ARNm conținută în celulele unui țesut . Practic, EST reprezintă porțiuni de ARNm care permit identificarea genelor exprimate printr-o analiză sistematică a transcriptomului . În anii 1990, această abordare a fost utilizată pentru a descoperi noi gene și / sau pentru a asocia expresia acestora cu tipuri de celule specifice. Odată identificate genele de interes, se efectuează analize mai direcționate pentru a obține întreaga secvență a ADNc aferent. Acesta din urmă poate fi apoi folosit ca sondă în experimente precum Northern blot sau microarray .
Termenul EST a fost introdus în 1991 de Craig Venter .
EST-urile nu corespund neapărat fragmentelor de ARNm , dar pot aparține și altor ARN-uri care nu codifică proteinele ( ARNc ), cum ar fi miARN-urile , deși prezente în cantități foarte mici. EST-urile sunt secvențe scurte (în general între 300 bp și 500 bp) și destul de inexacte (aproximativ o eroare de 2%); acest lucru se datorează faptului că reacția de secvențiere se efectuează de obicei automat într-o singură direcție sau, în orice caz, fără suprapunere. Prin urmare, EST-urile sunt mai scurte decât transcrierile complete, deoarece secvențierea unui ARNm întreg este mai scumpă: cu toate acestea, acest lucru poate produce rezultate incorecte dacă există forme necunoscute de splicing alternativ.
Identificarea noilor EST se desfășoară rapid, iar acum EST-urile publice disponibile se ridică la aproape 75 de milioane ( GenBank , ianuarie 2013), din care peste 8 milioane provin din secvențe umane: acestea includ multe secvențe redundante sau hartă în diferite puncte ale aceluiași mARN, care explică abundența enormă de EST în raport cu numărul de gene. Pe baza cunoștințelor actuale (2008) despre genomul uman, nu există o verificare experimentală a existenței unui număr atât de mare de gene codificatoare, de fapt se estimează că există între 25.000 și 30.000 de gene umane. Bazele de date dbEST și Unigene au fost dezvoltate pentru a grupa toate EST-urile care aparțin aceleiași gene.
Conexiuni
( RO ) Secțiunea Manual NCBI despre descrierea EST-urilor
linkuri externe
- ( EN ) Etichetă de secvență exprimată , pe Encyclopedia Britannica , Encyclopædia Britannica, Inc.
