Sens (biologie moleculară)
În biochimie , conceptul de sens se referă la orientarea de la capăt la capăt a unei singure fire de acid nucleic . Convențiile de nomenclatură ale inelelor de zahăr conținute în nucleotide au drept consecință directă prezența capetelor 5 ′ și a capetelor 3 ′ . Pozițiile relative ale structurilor care se încadrează pe catena ( gene , factori de transcripție sau polimerază ) sunt de obicei definite ca în amonte (spre capătul 5 'al catenei) sau în aval (spre capătul 3').
Importanța unei astfel de modalități de nomenclatură apare evidentă dacă luăm în considerare faptul că, in vivo , singura modalitate de sinteză a unui acid nucleic urmează sensul 5 ′ → 3 ′, deoarece polimeraza este capabilă să atace un nucleotid numai la hidroxilul prezent la 3 '.
În mod tradițional, secvențele ADN și ARN sunt scrise într-un sens 5 ′ → 3 ′.
Sfârșitul 3 ′
Capătul 3 ′ (pronunțat: trei prime ) al unui filament este denumit astfel deoarece se termină cu hidroxilul în poziția 3 a inelului furanozei. 3'-hidroxil (sau 3'-OH) este necesar pentru sinteza de noi molecule de acid nucleic, deoarece poate fi ligat la 5'-fosfatul unui nucleotid aparținând unei alte catene, favorizând astfel unirea a două catene.
În biologia moleculară este posibil să se utilizeze nucleotide lipsite de 3'-OH ( dideoxiribonucleotide ) pentru a opri replicarea ADN-ului. Această tehnică, cunoscută sub numele de metoda dideoxi , este utilizată pentru secvențierea ADN prin metoda Sanger .
Capătul 3 'este, de asemenea, locul poliadenilării ARNm - urilor .
5 ′ capăt
Capătul 5 ′ (pronunțat: cinci prime ) al unui filament se numește astfel deoarece se termină cu grupul chimic situat în apropierea carbonului în poziția 5 a inelului furanozei. Dacă o grupare fosfat este legată de acest carbon, este posibilă ligarea cu capătul 3'-OH al unei alte nucleotide. Dacă fosfatul nu este prezent, nu se poate întâmpla în schimb. În biologia moleculară, fosfatazele sunt utilizate pentru a elimina fosfații prezenți la capătul 5 'și pentru a evita ligaturile nedorite.
Capătul 5 'este locul în care se adaugă 7-metil guanozină printr-o legătură neobișnuită 5'-5'. Acest eveniment, cunoscut sub numele de capping , protejează ARNm de degradarea mediată de exonuclează .
Bibliografie
- Lodish și colab., Molecular Cell Biology , ediția a 5-a, 2004, WH Freeman and Company, New York. ISBN 0-7167-4366-3
