Conformații ADN
Conformațiile ADN bicatenare evidențiate până acum sunt cel puțin o duzină. Se crede că trei dintre acestea apar în mod natural: ADN-A, ADN -B și ADN -Z . Forma B este cea descrisă inițial de James Dewey Watson și Francis Crick și se crede că este forma predominantă în celule. [1] Are o lățime de 23,7 Å și se extinde cu 34 Å la fiecare 10 puncte de bază . Această dublă helix face o revoluție completă în jurul axei la fiecare 10,4-10,5 perechi de baze. Această frecvență de rotație, cunoscută sub numele de pasul elicei, depinde în mare măsură de forțele de stivuire pe care fiecare bază le exercită asupra celor adiacente.
A-, B- și Z-ADN
ADN-A și ADN-Z diferă semnificativ în geometrie și dimensiune de ADN-B, deși prezintă o structură cu dublă helix. Conformitatea A apare mai frecvent în probele de ADN anhidru, cum ar fi în experimentele de cristalografie și în heteroduplexele ( helice hibride din perechea de ADN și ARN ). Conformația Z este în schimb tipică regiunilor metilate ale ADN-ului, în care firele se înfășoară în direcția opusă în jurul axei. ADN-ul complexat cu proteine se conformează adesea și sub forma Z, deși prezența sa nu a fost încă demonstrată in vivo.
| A-ADN | ADN-B | Z-ADN | |
|---|---|---|---|
| Simțul helixului | dreptaci | dreptaci | stangaci |
| Unitate repetată | 1 bp | 1 bp | 2 bp |
| Rotație / bp | 32,7 ° | 34,3 ° | 60 ° / 2bp |
| bp mediu / turație | 11 | 10.5 | 12 |
| Inclinația bp față de axă | + 19 ° | -1,2 ° | -9 ° |
| Pasul / bp de-a lungul axei | 2,3 Å | 3,32 Å | 3,8 Å |
| Helix pitch / turn | 24,6 Å | 33,2 Å | 45,6 Å |
| Răsucire medie a elicei | + 18 ° | + 16 ° | 0 ° |
| Diametru | 23Å (2,3 nm) | 20 Å (2,0 nm) | 18Å (1,8 nm) |
Alte conformații
Pe lângă ADN-ul A, B și Z, sunt posibile și alte conformații. Până acum au fost evidențiate ADN-C, ADN- D , [2] ADN-E , [3] ADN-H , [4] ADN-L [2] ADN-S și ADN -P . [5] [6]
Notă
- ^ Richmond, și colab., Structura ADN-ului în nucleul nucleozomului , în Nature , vol. 423, 2003, pp. 145-150, PMID 12736678 .
- ^ a b Hayashi G, Hagihara M, Nakatani K, Application of L-DNA as a molecular tag , in Nucleic Acids Symp Ser (Oxf) , vol. 49, 2005, pp. 261-262, PMID 17150733 .
- ^ Vargason JM, Eichman BF, Ho PS, Structura extinsă și excentrică E-ADN indusă de metilarea sau bromurarea citozinei , în Nature Structural Biology , vol. 7, 2000, pp. 758-761, PMID 10966645 .
- ^ Wang G, Vasquez KM, instabilitate genetică indusă de structura ADN non-B , în Mutat Res , vol. 598, 1-2, 2006, pp. 103–119 , PMID 16516932 .
- ^ Allemand, și colab., ADN-ul întins și înfășurat formează o structură asemănătoare lui Pauling cu baze expuse , în PNAS , vol. 24, 1998, pp. 14152-14157, PMID 9826669 .
- ^ Lista a 55 de structuri ADN Arhivat la 26 mai 2007 la Internet Archive .
