Număr variabil de repetare tandem
Această intrare sau secțiune despre biologie nu citează sursele necesare sau cei prezenți sunt insuficienți . |
În biologia moleculară , abrevierea VNTR (Variable Number of Tandem Repeats English, număr variabil de repetări în tandem) este utilizată pentru a indica polimorfismele ADN-ului în care diferența dintre diferitele variante nu este dată de o nucleotidă de schimbare (așa cum este în schimb pentru SNP - polimorfisme cu nucleotide unice - sau RFLP ), ci prin repetarea în tandem a secvențelor de nucleotide specifice. Secvențele repetate ale genomului nostru sunt diferite și de origine diferită și reprezintă aproximativ 44% din ADN-ul nostru, cele repetate în tandem se caracterizează prin faptul că unitățile de repetiție sunt adiacente una cu cealaltă, în timp ce cele definite se intersectează, ele pot fi, de asemenea, localizate. în puncte îndepărtate unele de altele (de exemplu retrotranspozonii ).
Clasificare
De obicei, VNTR-urile sunt împărțite în două clase pe baza lungimii unității de repetare:
- Minisateliții au o unitate de repetare care variază între 20 și 100 bp. Prin urmare, dimensiunea alelei , dată de suma repetărilor coadă-cap, variază de la câteva sute până la Kb în lungime. Minisateliții se găsesc predominant la nivel sub- telomeric . Ele reprezintă aproximativ 4% din ADN-ul repetat în tandem.
- Microsateliții , numiți și STR sau STRP ( Short Tandem Repeat Polymorphism ), sunt repetări tandem mai mici. Cea mai comună unitate de repetare este între 2 și 4 nucleotide. Dimensiunea alelelor este mai mică decât minisateliții și variază de la 70 la 400 de perechi de baze. O caracteristică a microsateliților este că acestea sunt bine distribuite de-a lungul genomului . Microsateliții care sunt utilizați cel mai mult în reacțiile de multiplexare sunt cei care au o unitate repetată cu trei sau patru nucleotide.
Tehnici de analiză
Analiza VNTR se efectuează de obicei prin utilizarea endonucleazelor de restricție care recunosc siturile de restricție în amonte și în aval de regiunea repetată. Prin supunerea probelor de ADN care conțin repetări la acțiunea enzimelor de restricție , se vor obține secvențe de lungime diferită și, prin urmare, de greutate moleculară diferită datorită numărului diferit de repetări, acestea sunt apoi supuse unei curse electroforetice care le permite să fie separat. Dacă se utilizează markeri care leagă, de exemplu, o regiune în amonte de repetare, fiecare individ analizat va arăta două benzi corespunzătoare numărului diferit de repetări pe cele două alele luate în considerare. Dacă, pe de altă parte, se utilizează markeri care recunosc secvențe în cadrul repetării, imaginea cursei electroforetice va fi mai complexă, deoarece vor fi suprapuse imagini ale diferitelor microsateliți din diferite părți ale genomului; această imagine complexă constituie așa-numita amprentă digitală a ADN - ului , un fel de identificator unic al individului folosit adesea de exemplu în analizele criminalistice.
